Décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires et modifiant les règles procédurales de demande du temps partiel thérapeutique (TPT) dans la fonction publique

À compter du 1^er septembre 2026, les modalités de gestion des arrêts de travail dans la fonction publique ont évolué afin de s’aligner sur celles du régime général de l’assurance maladie. Ce que ce décret prévoit pour les agents publics, ce sont principalement des mesures suivantes :

- Généralisation de l’utilisation obligatoire d’un certificat d’arrêt de travail sécurisé

Les avis d’arrêts de travail devront être établis au moyen d’un formulaire Cerfa sécurisé afin de lutter contre la fraude documentaire. Cet avis d’interruption de travail peut être dématérialisé. Le Cerfa sécurisé devra être présenté par l’agent, y compris : pour l’octroi ou le renouvellement du congé longue maladie (CLM) ou congé longue durée (CLD) ; pour l’octroi du congé d’invalidité temporaire imputable au service (CITIS) en cas d’incapacité temporaire de travail.

- Encadrement de la durée des prescriptions et des prolongations des arrêts maladie

Comme pour les salariés du secteur privé, la durée de la prescription d’arrêt de travail sera plafonnée à 31 jours pour une première prescription, puis 62 jours pour une prolongation. Des dérogations seront possibles pour le prescripteur, au vu de la situation médicale de l’agent. En cas de prolongation de l’avis initial d’arrêt de travail, le maintien de rémunération pendant l’arrêt sera poursuivi uniquement lorsque l’arrêt aura été prolongé par le prescripteur de l’arrêt initial (sauf dans les cas prévus par les articles L.162-4-4 et R.162-1-9-1 du Code de la sécurité sociale, c’est-à-dire en cas d’impossibilité de recourir à celui-ci ou de son indisponibilité). Concernant la durée du CLM ou du CLD, désormais, le CLM ou le CLD peut être accordé ou renouvelé, dans la limite de 6 mois, sur présentation d’un avis médical (contre une durée entre 3 et 6 mois jusqu’à présent). S’agissant de la durée du CITIS, lorsque l’accident de service, de trajet ou la maladie professionnelle entraîne une incapacité temporaire de travail, le certificat médical joint à la demande de CITIS doit être accompagné de l’avis d’arrêt de travail établi selon les modalités prévues à l’article R.321-2 du Code de la sécurité sociale.

- Contestation de l’avis du conseil médical en formation restreinte devant le conseil médical supérieur

Pour rappel, l’avis d’un conseil médical rendu en formation restreinte peut être contesté devant le conseil médical supérieur par l’administration ou le fonctionnaire intéressé dans le délai de deux mois à compter de sa notification. Désormais, en vertu de ce décret, cette contestation ne sera plus possible lorsque l’avis du conseil médical en formation restreinte est concordant avec les conclusions du médecin agréé, dans les cas de saisine du conseil médical en application de l’article 5 II du décret n°87-602 du 30 juillet 1987 (article 17 modifié du décret n°86-442 du 14 mars 1986 ; article 8 modifié du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).

- Renouvellement d’un congé de longue maladie (CLM) et d’un congé de longue durée (CLD)

La saisine pour avis du conseil médical en formation restreinte est supprimée en cas de renouvellement d’un CLM et d’un CLD après épuisement de la période rémunérée à plein traitement (abrogation du 2° du I de l’article 5 du décret du 30 juillet 1987 par le présent décret).

- Obligations des agents en arrêt maladie et renforcement des dispositifs de contrôle et de télécontrôle

En effet, ce décret modifie d’abord l’article 6-1 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987, de sorte que « l’autorité territoriale puisse faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail du fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire (CMO), CLM, CLD ou CITIS par toute personne dûment habilitée à cet effet ». L’employeur peut organiser des contrôles de présence à domicile ou à son lieu de repos s’il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire déterminées selon les modalités prévues à l’article R.323-11-1 du Code de la sécurité sociale, lorsque l’arrêt le prévoit. En cas d’absence injustifiée ou de refus, la rémunération de l’agent peut être suspendue jusqu’à la fin de cet arrêt. Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu comptera dans la période de congé en cours. Ce décret consacre également une évolution des contrôles médicaux : à terme, certains contrôles pourront être réalisés à distance par les médecins agréés, permettant un suivi plus rapide des situations. Ainsi, l’examen médical du fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, CLM, CLD ou d’un CITIS, pourra être effectué à distance, au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication, dans le respect des conditions prévues par le Code de la santé publique (article 34-1 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987 modifié par ce décret).

- Interdiction d’exercer une activité rémunérée pendant un CMO ou un CITIS

Par ailleurs, en vertu de ce décret, l’interdiction d’exercer toute activité rémunérée est étendue aux agents placés en CMO et en CITIS, à l’exception des activités ordonnées et contrôlées médicalement par le médecin du travail au titre de la réadaptation et des activités de production des œuvres de l’esprit (article 28 modifié du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).

- Formation ou bilan de compétences pendant le congé

En effet, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé, le fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, CLM, CLD ou d’un CITIS, peut (faculté) demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L’autorité territoriale se prononce sur cette demande dans un délai de 30 jours, en application de l’article 31-2 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987, modifié en ce sens par le présent décret.

- Préparation à la reprise à compter du 1^er janvier 2028 – nouveau dispositif de visite de reprise

À compter du 1^er janvier 2028, un nouveau dispositif vise à anticiper et faciliter le retour à l’emploi après une interruption prolongée pour raison de santé. Au cours de toute interruption de travail dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, pourra solliciter le médecin du travail afin : de préparer les conditions et modalités de la reprise ; d’étudier les mesures susceptibles de faciliter le retour au travail ; d’envisager, le cas échéant, des actions de formation (article 31-1 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987, modifié par ce décret du 29 juillet 2026). Le fonctionnaire pourra être assisté durant cette phase par une personne de son choix.

En outre, il faut rappeler que le temps partiel thérapeutique (TPT) permet à un agent public, dont l’état de santé le justifie, de reprendre ou de poursuivre son activité à temps partiel sur prescription médicale, avec l’accord de son employeur. Ce dispositif vise à concilier la poursuite des soins, le maintien dans l’emploi et la continuité du service.

Ainsi, à compter du 1^er août 2026, seule la procédure d’autorisation du TPT a évolué grâce aux dispositions de ce même décret. Les conditions médicales d’accès au TPT, les quotités de travail ainsi que les règles de rémunération et de rechargement des droits restent, quant à elles, inchangées. La procédure d’instruction des demandes de temps partiel thérapeutique est donc davantage encadrée. Les nouvelles dispositions s’appliquent aux demandes initiales et aux renouvellements intervenus à compter du 1^er août 2026. Cette réforme apporte des évolutions essentielles en matière de :

- Délai de réponse ou de prise de décision : l’employeur dispose désormais d’un délai maximal de 30 jours à compter de la réception d’une demande pour s’en prononcer, y compris en cas de renouvellement. Toutefois, en cas de reprise après un congé maladie long, le TPT est mis en place sans délai. Plus précisément, lorsque la demande est présentée à l’issue : d’un congé de longue maladie (CLM) ; d’un congé de longue durée (CLD) ; d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ; d’une disponibilité pour raison de santé (DORS), la décision doit intervenir au plus tard au jour de la reprise. Cette règle s’applique également en cas de renouvellement de l’autorisation.

- Durée de l’autorisation de temps partiel thérapeutique : Auparavant, le TPT était accordé et, le cas échéant, renouvelé par périodes d’un à trois mois dans la limite d’une année. Désormais, en vertu de ce nouveau décret, l’autorisation peut être accordée dans la limite d’une année, sans périodicité obligatoire d’un à trois mois.

- Contrôle par un médecin agréé : Le recours au médecin agréé n’est plus systématiquement exigé pour les prolongations de TPT au-delà de trois mois. L’autorité territoriale conserve néanmoins la possibilité de faire examiner l’agent par un médecin agréé à tout moment, y compris lors de l’examen de la demande initiale. Point de vigilance : l’absence injustifiée du fonctionnaire à cet examen vaut désistement de sa demande de TPT.

- Encadrement des refus : si l’employeur envisage de refuser la demande initiale ou de renouvellement de TPT mais aussi d’interrompre un TPT, il doit bien motiver sa décision. Lorsque la décision repose sur les nécessités de la continuité et du fonctionnement du service, elle doit être précédée d’un entretien avec l’agent, qui peut se faire assister par la personne de son choix. En revanche, lorsqu’un refus repose sur un motif médical, la décision ne peut intervenir qu’après avis préalable d’un médecin agréé.

- Contestation des conclusions du médecin agréé devant le conseil médical : Le décret sécurise la situation de l’agent lorsqu’une contestation intervient alors qu’un TPT est déjà en cours. Lorsque l’agent ou l’autorité territoriale conteste les conclusions du médecin agréé, les droits de l’agent au TPT sont maintenus jusqu’à ce que le conseil médical siégeant en formation restreinte ait rendu son avis. L’agent conserve donc le bénéfice du dispositif pendant l’instruction de la contestation.

Lire le décret n°2026-705 du 29 juillet 2026, paru au Journal officiel du 31 juillet 2026