Jurisprudence - Absence d’obligation pour la collectivité employeur d’octroi de la protection fonctionnelle aux agents (gestionnaires publics) poursuivis devant la Cour des comptes pour des infractions financières

En effet, la question s’est rapidement posée pour les administrations de l’applicabilité ou non de la protection fonctionnelle, aujourd’hui codifiée aux articles L.134-1 à L.134-12 du Code général de la fonction publique (CGFP), aux agents publics faisant l’objet de poursuites devant le juge financier (Cour des comptes). Les réponses de la jurisprudence antérieures à cette jurisprudence de principe du Conseil d’Etat étaient très nuancées et hésitantes sur une solution de principe à donner. Ainsi, si certaines juridictions se sont prononcées, en référé comme au fond, vers une reconnaissance de la protection fonctionnelle en ce domaine (TA Paris, ord., 14 mars 2024, n° 2403460 ; TA Bastia, 10 décembre 2024, n° 2200173), d’autres s’y sont opposés (TA Lille, ord., 14 novembre 2024, n°2410562).

C’est dans ce contexte de forte incertitude juridique que le Secrétariat Général du Gouvernement (SGG), par la note (circulaire) du 2 avril 2024, a décidé de fixer la doctrine générale de l’État sur cette question. Une approche particulièrement stricte a été retenue en considérant que la procédure de mise en cause devant la Cour des comptes ne répondait pas aux conditions légales permettant l’octroi de la protection fonctionnelle, notamment au motif que cette procédure ne pouvait être regardée comme constituant des « poursuites pénales » au sens de l’article L.134-4 du CGFP.

Les requérants contestaient cette approche du SGG et ont attaqué cette note du 2 avril 2024 en soutenant que les dispositions de l’article L.134-4 du code général de la fonction publique, telles qu’interprétées par ladite note, méconnaissent le principe d’égalité, car elles privent les agents publics du bénéfice de la protection fonctionnelle lorsqu’ils sont poursuivis devant la Cour des comptes pour l’une des infractions énumérées aux articles L.131-9 à L.131-15 du code des juridictions financières, alors que les salariés de droit privé également susceptibles d’être jugés par la Cour des comptes, pour les mêmes infractions, peuvent bénéficier d’une protection équivalente sous la forme d’une garantie de leur employeur. Mais le Conseil d’Etat remarque qu’en l’état de la jurisprudence du juge judiciaire, il n’est pas imposé aux employeurs de garantir les salariés de droit privé faisant l’objet de poursuites devant la Cour des comptes pour l’une de ces infractions. Par conséquent, il estime qu’il n’y a donc pas de rupture d’égalité. Pour justifier sa décision, le Conseil d’Etat explique que la collectivité doit accorder une protection à ses agents qui font l’objet de poursuites pénales pour des faits qui n’ont pas le caractère d’une faute personnelle détachable de l’exercice de leurs fonctions. Or, les amendes infligées par la Cour des comptes n’ont pas le caractère d’une sanction pénale. Il en déduit que la protection fonctionnelle ne peut pas être accordée à un agent qui fait l’objet d’une procédure sur le fondement des articles L.131-1 et suivants du code des juridictions financières.

Par conséquent, pour le Conseil d’Etat, lorsqu’un agent public est mis en cause devant la chambre du contentieux de la Cour des comptes dans le cadre du régime de responsabilité des gestionnaires publics, le principe général du droit (PDG) à la protection fonctionnelle n’impose pas à la collectivité de lui accorder cette protection.

Lire la décision du Conseil d’Etat du 29 janvier 2025, requêté n°497840