Report et indemnisation des congés annuels non pris par les agents de la FPT : nouvelle réglementation issue du droit européen

Le décret du 21 juin 2025 fixe un cadre juridique harmonisé pour le report et l’indemnisation des congés annuels non pris dans les trois versants de la fonction publique, en application du droit européen. Plus précisément, son article 4 relatif aux agents de la FPT modifie, s’agissant des fonctionnaires, le décret n°85-1250 du 26 novembre 1985. Pour rappel, l’article 5 de ce décret posait le principe de l’interdiction de report et d’indemnisation des congés annuels non pris. Désormais, les articles 5-1 et 5-2 créés par ce nouveau décret prévoient des dérogations à ce principe.

Par conséquent, s’agissant du report des congés :

Le nouvel article 5-1 du décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 modifié prévoit que « lorsque le fonctionnaire est dans l’impossibilité, du fait d’un congé pour raison de santé ou du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales de prendre son congé annuel au cours de l’année au titre de laquelle il lui est dû, il bénéficie d’une période de report de 15 mois, dont la durée peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de l’autorité territoriale. Cette période de report débute à compter de la reprise des fonctions. Pour les congés annuels acquis pendant un congé pour raison de santé ou un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, elle débute, au plus tard, à la fin de l’année au titre de laquelle le congé annuel est dû. A l’exclusion du cas où le fonctionnaire bénéficie d’un report du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales (congé maternité, congé parental, congé de naissance, congé de paternité et d’accueil de l’enfant...), le report est limité aux droits non-utilisés relevant des 4 premières semaines de congé annuel par période de référence. Enfin, pour le report de congé annuel du fait d’un congé lié aux responsabilités familiales ou parentales, ces dispositions s’appliquent aux situations pour lesquelles un droit au report peut être constaté du fait d’un congé dont l’échéance est postérieure à la date d’entrée en vigueur de la loi n°2024-364 du 22 avril 2024 ».

Par ailleurs, s’agissant de l’indemnisation des congés non pris :

Si la relation de travail des agents territoriaux prend fin (retraite, démission, fin de contrat, etc.) sans que les congés aient pu être pris, une indemnité compensatrice est prévue. C’est le nouvel article 5-2 du décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 modifié qui prévoit que « lorsque le fonctionnaire n’a pas été en mesure de prendre ses congés avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice. A l’exclusion des droits non-consommés du fait d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des 4 premières semaines de congé annuel par période de référence ».

L’article 5 de ce nouveau décret modifie également, s’agissant des agents contractuels,le décret n°88-145 du 15 février 1988 en supprimant les alinéas de son article 5 (deuxième, troisième, quatrième et cinquième) qui précisaient les règles de calcul de l’indemnisation. Le décret n°88-145 du 15 février 1988 est donc également modifié par ce décret du 21 juin dernier afin que les agents contractuels disposent des mêmes droits que les agents titulaires.

Par ailleurs, l’arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale fixe, en complément, les modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice (applicable aussi bien aux fonctionnaires qu’aux agents contractuels). Cette indemnité est calculée comme suit :

Indemnisation d’un jour de congé annuel non pris = (rémunération brute * 12) / 250.

La rémunération mensuelle brute prise en compte correspond à la dernière rémunération versée au titre de l’exercice effectif des fonctions sur un mois d’exercice complet. Le cas échéant, cette rémunération tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l’agent qui sont intervenues entre la dernière date d’exercice effectif des fonctions et la date de fin de relation de travail. Elle comprend : le traitement indiciaire brut, l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement, les primes et indemnités réglementaires, sauf celles expressément exclues (article 1).

En revanche, en sont exclus en application de l’article 2 de cet arrêté :

• Les versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l’appréciation individuelle ou collective de la manière de servir ;
• Les primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais ;
• Les participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire ;
• Les versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations, ainsi que toutes autres indemnités de même nature ;
• Les indemnités versées au titre d’une activité accessoire ainsi que les autres indemnités non directement liées à l’emploi ;
• Les versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique ;
• Les indemnités liées à l’organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail. Par dérogation, les indemnités pour heures supplémentaires annualisées sont incluses dans l’assiette de la rémunération brute.

Ce décret et cet arrêté sont entrés en vigueur le lendemain de leur publication, soit le 23 juin 2025.

Lire le décret n°2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d’indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique, paru au Journal officiel du 22 juin 2025
Lire l’arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale